Remote-3DD: un nuevo método para la detección de homólogos remotos que usa propiedades fisicoquímicas

  • Oscar F. Bedoya Escuela de Ingeniería de Sistemas y Computación, Universidad del Valle. Cali, Colombia

Resumen

 En este artículo se presenta un nuevo método para la detección de homólogos remotos, llamado remote-3DD, que combina mapas de contacto predichos y una distribución de los valores en las matrices de interacción. Los mapas de contacto predichos son una aproximación de la forma 3D de proteína que se puede obtener a partir de su estructura primaria. Por su parte, una matriz de interacción permite representar una proteína a partir de las propiedades fisicoquímicas de los aminoácidos que la conforman. Remote-3DD se propone como una estrategia para mejorar la exactitud del método remote-C3D en el cual se utilizan solamente mapas de contacto. La hipótesis que se plantea en este artículo es que se puede mejorar la exactitud del método remote-C3D al incorporar las distribuciones de la matriz de interacción. Los resultados de las pruebas muestran que el método remote-3DD alcanza una exactitud mayor que los métodos basados en composición y en algunos casos una exactitud comparable con los métodos basados en perfiles. Además, las pruebas permiten demostrar que el método remote-3DD, en general, presenta exactitudes mayores que el método remote-C3D cuando se utiliza la misma cantidad de modelos y tamaños de submatrices.

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Publicado
2017-09-15
Como citar
BEDOYA, Oscar F.. Remote-3DD: un nuevo método para la detección de homólogos remotos que usa propiedades fisicoquímicas. INGENIERÍA Y COMPETITIVIDAD, [S.l.], v. 19, n. 2, sep. 2017. ISSN 2027-8284. Disponible en: <http://revistas.univalle.edu.co/index.php/ingenieria_y_competitividad/article/view/5289>. Fecha de acceso: 24 nov. 2017 doi: https://doi.org/10.25100/iyc.v19i2.5289.